我国的肛肠学术研究事业同其它学科一样，是随着中华人民共和国的成长而壮大起来的。新中国成立后，国家卫生部为继承和发扬祖国传统医学，更好地服务于民众，鼓励西医脱产学习中医并成立了中国中医研究院，创办了高等中医药院校。遵照"古为今用、洋为中用"和"推陈出新"的方针，一代医家在全面继承了祖国宝贵医学遗产的础上将传统中医药学发扬光大，祖国的中医药事业从此获得了长足的发展。

　　六十年代初，卫生部召集中国中医研究院及全国20余家中医院校的中医肛肠专家和一部分西医肛肠专家在中医研究院召开了中医治疗痔瘘成果座谈会，通过评定，充分肯定了中医治疗痔瘘疗法的临床疗效，并指出进一步加强实验研究的重要性。会上成立了全国中西医结合防治肛肠疾病协作组，认真总结了中医防治肛肠疾病的宝贵经验，并于会后深入基层和农村开展肛肠疾病中医防治技术的推广。本次会议上成立的全国中西医结合防治肛肠疾病协作组就是全国肛肠学会的发端。

　　1961年卫生部召开的这次座谈会对全国各中医医疗机构起了极大的鼓舞作用，各单位相继成立了痔瘘科或肛肠科，对防治肛肠疾病予以了更多的关注，肛肠学术研究得到了更大程度的重视。1975年，由中国中医研究院广安门医院主持在河北省衡水地区召开了第一次全国中西医结合防治肛肠疾病协作组会议。1977年，在南京召开了第二次全国中医肛肠学术会议。出席会议的有来自全国各中医单位的200余名代表。1980年全国中医学会成立后，中医肛肠协作组立即申请加入中医学会并得到批准，且酝酿成立中医肛肠学会(二级分会)。同年7月在福州市召开了第三次全国肛肠学术会议(出席会议的代表有300余人，提交学术论文300余篇)，卫生部副部长崔月犁出席了本次会议。在这次会议上，经过民主选举，选出丁泽民为会长。史兆歧、闻茂康、王方林、张庆荣、陆琦、李雨农、李润廷、金虎、杨书兴为副会长。并选出常务理事15人。理事58人。1980年福州肛肠学术会议，是促进我国肛肠学术研究事业发展的一个里程碑。

　　肛肠学会通常每三年召开一次全国中医肛肠学术会议。迄今为止已召开10次全国中医肛肠学术会议。每次会议代表均达400-500余人，论文500-600余篇。参加人员有中医专家、中西医结合专家和部分西医肛肠专家，以及各地区肛肠医师、科教人员和基础医学研究者。由于每次全国大会均集中了肛肠学科的学术精英，所以每次会议出版的论文汇编均显示出了相当高的学术水平，会上学术研讨的气氛也非常活跃，对我国肛肠学研究起到了极大的促进作用。

　　1998年在湖南省张家界市召开的第九次全国中医肛肠学术会议，通过全体理事会民主选举产生了第三届肛肠学会领导机构。选出名誉会长：丁泽民。会长：丁义江。副会长：史兆岐、张树义、邓正明、柏连松、贺执茂、田振国、丁义山。正副秘书长：史兆岐(兼)、张树义(兼)、邓正明(兼)。2000年在沈阳召开的第十次全国中医肛肠学术会议，召开了常务理事会。通过民主选举选出了常务理事共30名。理事72名。